主要なデータの格納場所
Windowsには、ユーザーアカウントごとに作成される ユーザーフォルダというものがあります。
ユーザーフォルダには、ドキュメント、デスクトップ、ダウンロード、ピクチャ、ビデオ、ミュージックなどのフォルダが入っています。
デスクトップアイコンとして表示されていることがあります。ユーザーファイルということもあります。

アイコンの中のフォルダ。

ユーザーフォルダは、エクスプローラーで辿ると PC→Cドライブ→ユーザー→アカウント名のフォルダになります。
ユーザーフォルダすべてをバックアップする場合は、エクスプローラーで辿り ユーザーアカウント名の付いたこのフォルダをコピーします。

ユーザーフォルダの中のフォルダ。

ユーザーフォルダには、ダウンロードフォルダがあり、容量が大きくなることがあるため、事前に容量を確認したり、必要なフォルダのみコピーすることもあります。
お気に入り
お気に入りというフォルダは、基本的にIEのお気に入りしか入らないため、他のブラウザではエクスポートなどが必要になります。
IEのお気に入りは、お気に入りフォルダをバックアップすることができます。

ドキュメント
ドキュメントは、ソフトウェアがデータ用のフォルダを作成していることがあります。個別にバックアップをとることができます。

このようにユーザーフォルダは、主要なデータの格納場所になっています。Windows バックアップやファイル履歴の機能は、主にユーザーフォルダのデータが中心となっています。